Il Porto si suddivide in due parti,porto del Valle e porto Vecchio.
Il Porto del Valle è il porto principale di Monte Argentario.
Il porto si è sviluppato negli ultimi due secoli, grazie alla cantieristica navale e alla necessità di creare un approdo più grande per i collegamenti con le isole.
In precedenza, era usato dai governanti spagnoli dello Stato dei Presidi, che lo ritenevano più sicuro e protetto del più piccolo e vicino Porto Vecchio.
Situato nella parte moderna dell'abitato, l'approdo si apre a nord, a ovest è delimitato da un molo frangiflutti munito di faro, a sud e a est è circondato dal promontorio dove si sviluppa il nucleo storico di Porto Santo Stefano, dove spicca la Fortezza Spagnola; dalla riva orientale si diparte un secondo molo, più breve, anch'esso dotato di faro.
Il porto, segnalato da due fari, è situato sul Mar Tirreno ed è suddiviso in 3 settori ben distinti, quello industriale riservato ai cantieri navali, quello commerciale riservato ai traghetti per le isole del Giglio e di Giannutri e quello turistico riservato al diporto, con almeno 20 posti per i natanti in transito fino a 25 metri di lunghezza. I fondali hanno profondità non inferiori ai 10 metri.
Tra i servizi, vi sono i distributori di carburante, gli scali d'alaggio e punti di assistenza e riparazione per gli scafi.Il porto e' anche adibito all'ormeggio
della flotta pescherecci del paese.
Il Porto Vecchio di Porto Santo Stefano è il porto situato nella parte occidentale dell'omonima località balneare del comune di Monte Argentario.
Il porto è il più antico della località di Porto Santo Stefano, sebbene questa sia stata di secondo piano, nella storia, rispetto a Porto Ercole.
Soltanto tra la fine del Cinquecento e gli inizi del Seicento, grazie ai governanti spagnoli dello Stato dei Presidi, la località iniziò ad assumere un ruolo strategico, venendo dotata di fortificazione. Proprio in epoca seicentesca fu costruito il porto, che era protetto alle spalle dalla Torre Antica, che si elevava nella Piazza dei Rioni ove vi è l'attuale sede comunale, e fu completamente distrutta dai bombardamenti della seconda guerra mondiale.
In epoche recenti, le nuove esigenze commerciali e industriali privilegiarono il più moderno e ampio Porto del Valle; da allora, il Porto Vecchio iniziò ad essere un approdo per i pescatori, fino a diventare un caratteristico ormeggio turistico durante il secolo scorso.
Il porto si apre a nord-ovest verso il mare, chiuso in una piccola baia naturale, in continuità con la scenografica Piazza dei Rioni, che costituisce il "salotto" della località di Porto Santo Stefano.
All'estremità occidentale, si diparte un molo frangiflutti, chiamato "Il Moletto", dotato di faro segnalatore.
Il porto, segnalato da un faro, è situato sul Mar Tirreno ed è costituito da una banchina con quasi 100 posti barca totali. I fondali variano da 1,5 a 5 metri di profondità. L'accesso risulta difficoltoso con forti venti del primo quadrante.
Durante il mese di giugno, è sede della manifestazione che vede l'esposizione di imbarcazioni d'epoca.
